植物萬用RNA提取實(shí)驗(yàn)方案

2013-12-18 09:44:39    作者:何嬙     來源:生物通     瀏覽次數(shù):

  生物通報道在遺傳學(xué)研究中,科研人員廣泛地利用RNA來研究不同生物體的基因表達(dá)模式。通過了解生物體中RNA的種類和數(shù)量,可以知道哪些基因獲得了表達(dá),從而得到一些負(fù)責(zé)特定表型的基因的新見解。

  許多的工具,例如新一代測序和定量PCR,都可用于研究基因表達(dá)。但這些工具依賴于從目的生物體中抽提到高質(zhì)量的RNA,這可能是一項挑戰(zhàn)性的任務(wù)。相比于基因組DNA,RNA更微弱,容易發(fā)生降解。此外,許多的植物組織中充滿了阻礙分離足夠數(shù)量和/或質(zhì)量RNA的淀粉、纖維或抑制分次生化合物。

  盡管已有大量的RNA抽提方案開發(fā)出來,但其中大部分都是植物特異性的,許多是針對特定的作物或是模式生物(如擬南芥),對于構(gòu)成絕大多數(shù)植物多樣性的非模式植物種類,這些方法的應(yīng)用有點(diǎn)受限。

  來自加州大學(xué)伯克利分校的研究人員開發(fā)出了一種適用于所有陸生植物(包括30萬物種)的RNA提取新方案。

  根據(jù)研究的資深作者、加州大學(xué)伯克利分校植物和微生物學(xué)系副教授ChelseaSpecht所說,這一實(shí)驗(yàn)方案將大大推動非模式植物物種以RNA為基礎(chǔ)的研究。

  “采用這一實(shí)驗(yàn)方案,我們可以從跨越陸生植物多樣性的植物所有類型的組織中,成功地提取出高產(chǎn)量和高質(zhì)量的RNA,其中包括難以采用機(jī)械方法進(jìn)行碾磨,富含淀粉或是充滿次生化合物的組織。”

  論文的主要作者Roxana Yockteng、Specht和同事們在多種陸生植物種類(包括1種苔蘚植物、3種裸子植物和很多的被子植物)以及不同的組織類型(例如葉子、花和球果等)中測試了這一方案。他們能夠從測試樣品中始終如一地獲得大量高質(zhì)量的RNA。

  Specht說,這一實(shí)驗(yàn)方案極其靈活可變;可以輕易地修改實(shí)驗(yàn)方案中的許多步驟,從而適應(yīng)植物化學(xué)和結(jié)構(gòu)的改變。

  “無論你在哪個實(shí)驗(yàn)室或是正在研究哪種植物,你都可以微操控你的RNA提取方案,為自己做出一些小的改變。”

  這一實(shí)驗(yàn)方案的最后還包括一個選擇性的凈化步驟,使得可以從有問題的樣本(例如富含木質(zhì)素或是次生代謝產(chǎn)物)中獲得高質(zhì)量的RNA,且不會造成RNA量的顯著損失。這一步驟是對一種凈化DNA的類似方法進(jìn)行修改而成。

  Specht說,新實(shí)驗(yàn)方案可廣泛應(yīng)用于植物遺傳研究中。與RT-PCR、定量PCR或RNA測序(轉(zhuǎn)錄組分析)有關(guān)的基因表達(dá)研究均可以采用這一實(shí)驗(yàn)方案來提取必要的高質(zhì)量RNA。此外,研究人員可以利用新一代測序生成的轉(zhuǎn)錄組,開發(fā)出用于系統(tǒng)發(fā)生和植物地理學(xué)研究的靶序列捕獲標(biāo)簽。

  Specht說,能夠?qū)⑦@一實(shí)驗(yàn)方案應(yīng)用于大量的植物和組織種類,還將有助于對各種譜系的轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行比較分析,使得研究人員能夠?qū)Ω鞣N有趣的進(jìn)化問題開展調(diào)查。此前這是一個挑戰(zhàn),因?yàn)楝F(xiàn)有的實(shí)驗(yàn)方案在跨越多種系統(tǒng)發(fā)生分歧物種中應(yīng)用時,通常太具分類群特異性或組織特異性。

編輯:zhaojun

凡注明“風(fēng)景園林網(wǎng)”的所有文章、項目案例等內(nèi)容,版權(quán)歸屬本網(wǎng),未經(jīng)本網(wǎng)授權(quán)不得轉(zhuǎn)載、摘編或利用其它方式使用上述作品。已經(jīng)本網(wǎng)授權(quán)者,應(yīng)在授權(quán)范圍內(nèi)使用,并注明“來源:風(fēng)景園林網(wǎng)”。違反上述聲明者,本網(wǎng)將追究其相關(guān)法律責(zé)任。

相關(guān)閱讀

英研究人員首次在植物中發(fā)現(xiàn)稀有礦物

  近日,英國劍橋大學(xué)的研究人員在國際上首次發(fā)現(xiàn)一些虎耳草屬(Saxifraga)高山植物的葉片可以產(chǎn)生稀有礦物球霰石,相關(guān)研究結(jié)果發(fā)表在《植物志》上。【詳細(xì)】

生動綠意場景:家庭微景觀設(shè)計

  一株綠色植物能為家居注入新鮮的氣息,而現(xiàn)在的綠色植物景觀設(shè)計也愈發(fā)新奇多樣,在玻璃花瓶/花盆之中,什么樣的微型景觀都有可能出現(xiàn)。9款家庭微景觀設(shè)計,為家搭建一處生動的綠意場景。【詳細(xì)】

植物與水的搭配讓景觀充滿詩情畫意

  在園林景觀設(shè)計中,水景不外乎動景和靜景。一方靜水搭配靈動叢生的植物,便多了幾分令人愉悅的生機(jī)。【詳細(xì)】

湖南永州將再添一個國家森林公園

今天,從國家林業(yè)局傳來喜訊,祁陽縣創(chuàng)建太白峰國家級森林公園通過評審,這意味著永州將再添一個國家森林公園。【詳細(xì)】